Marvel: Avengers Alliance tiene lugar en el despertar de un gran desastre en la galaxia, conocido como The Pulse, exponiendo Manhattan a un ataque de los villanos más formidables de Marvel. Esta es una nueva historia del Universo Marvel, creada exclusivamente para el juego, es decir que vamos a ver personajes conocidos, pero la trama no se basa en ninguno de los cómics.
Los jugadores son reclutados como agentes de S.H.I.E.L.D. y se les encomienda que formen y lideren equipos de superhéroes para mantener la ciudad de Nueva York a salvo de las garras de villanos como Loki, Cráneo Rojo y Magneto, así como de organizaciones como I.M.A. o Hydra.
Marvel: Avengers Alliance dará a los jugadores la oportunidad de construir un equipo de Marvel imparable formado por personajes icónicos como Spiderman, Iron Man, Thor, el Capitán América, Hulk, la Viuda Negra, etc.
El juego es un RPG clásico, donde puedes jugar con tres héroes en tu equipo en cada batalla los cuales pueden ser escogidos de una amplia selección de personajes que puedes ir desbloqueando con la ayuda de los "Command Points" que vas obteniendo en cada uno de los capítulos del juego.
Los Héroes a reclutar no necesariamente son de la saga de Avengers pero se les ha dado un protagonismo en el juego, entre algunos de los héroes tenemos a Black Widow, Capitán América, Hawkeye, Wolverine, Thor, Ironman, Spiderman, Hulk, a todos los cuatro fantásticos, Cyclops, Colossus, Kitty Pride, Storm, Phoenix y muchos otros más.
Cada personaje tiene habilidades únicas que pueden ser aprovechadas estratégicamente, así como atributos que obligan al jugador a preparar una estrategia del equipo antes de cada batalla, estos son, Generalist (atributo normal), Blaster (daño extremo), Bruisers (tanques), Scrappers (combate cerrado), Infiltrators (infiltradores) y Tacticians (peleadores tácticos) cada atributo es fuerte contra alguno y débil contra otro, esto hace que el juego no sea monótono al iniciar cada batalla puesto que siempre vamos a tener que utilizar estrategias diferentes.
En Marvel: Avengers Alliance, nuestro personaje principal es un Agente de Shield al cual podemos modificar a nuestro gusto y ponerle el nombre que queramos este agente peleará cada batalla junto a los dos héroes que selecciones entre los que tengamos disponibles.
La ventaja del agente es que puede ser equipado con trajes que le pueden dar cualquiera de los atributos, es decir, que si necesito que mi agente sea Blaster, lo puedo equipar para que sea así y en otra batalla cambiarle el atributo con otro traje. Además de esto el agente es el único personaje que cuenta con un arsenal de armas y gadgets que vamos a poder comprar e ir desbloqueando mientras lo subimos de nivel y durante todo el juego podemos ir configurando a nuestro agente.
En el juego podemos invitar a nuestros amigos de facebook para que sean nuestros aliados, esto nos da ventajas adicionales, mientras más personas reclutemos más regalos vamos a poder recibir (pero ojo hay un límite diario), también esto influye en el bono para JCJ, y lo más importante es que cuando tenemos un amigo en el juego podemos visitar su perfil (tal cual como restaurant city, city ville, etc.) y ayudar a nuestro amigo, esto nos puede ayudar a ganar plata, puntos de energia, shield points, challenge points y el distress call que es una opción de batalla en donde podemos llamar al agente o a uno de los héroes de su equipo para que nos ayude con un ataque en batalla (el personaje que sale es aleatorio).
